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以人類為代表的高等生物，進化出復雜的基因表達調(diào)控機制，利用同一套基因組遺傳信息，分化出數(shù)百種不同的細胞類型，以適應對復雜生長發(fā)育過程的需要。轉(zhuǎn)錄起始過程發(fā)生在幾萬種不同基因的高度多樣化的啟動子區(qū)。圍繞啟動子區(qū)轉(zhuǎn)錄起始過程的調(diào)控，是細胞體系內(nèi)最為核心的生命過程之一，對其研究一直是生命科學的重大前沿課題。

4月1日，復旦大學生物醫(yī)學研究院徐彥輝課題組在《科學》（Science）雜志上在線發(fā)表了研究長文（Research Article）《結(jié)構(gòu)研究揭示轉(zhuǎn)錄前起始復合物識別啟動子及動態(tài)組裝機制》（“Structural insights into preinitiation complex assembly on core promoters”）。該項研究首次報道了包含TFIID的完整轉(zhuǎn)錄前起始復合物（PIC）結(jié)構(gòu)，揭示了PIC如何識別不同類型啟動子并完成多步組裝的完整動態(tài)過程。

“徐彥輝團隊在Science雜志發(fā)表的論文中，解析了25種復合物冷凍電鏡結(jié)構(gòu)，涵蓋了不同PIC組裝階段、不同功能狀態(tài)及啟動子類型，全面地回答了轉(zhuǎn)錄起始階段若干重要的科學問題。”中國科學院院士饒子和在點評中表示。

Science雜志的審稿專家認為，“該研究成果對今后幾年的真核轉(zhuǎn)錄起始調(diào)控研究有指導性意義，一經(jīng)發(fā)表，必將成為經(jīng)典”“這項研究非常優(yōu)秀，標志著轉(zhuǎn)錄調(diào)控領域的巨大進展”“本文揭示的組裝機制引人關注，作者所做的大量工作值得贊賞”。

該工作也是中國科學家繼解析剪接體復合物之后在轉(zhuǎn)錄調(diào)控領域的又一教科書級的經(jīng)典工作。這一研究成果的發(fā)布，也標志著中國科學家在基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控領域的基礎科學研究中取得世界級頂尖成果。

為實現(xiàn)復雜的基因表達調(diào)控，人體細胞中進化出以RNA聚合酶II（Pol II，以下簡稱聚合酶）為核心的轉(zhuǎn)錄前起始復合物（preinitiation complex，PIC），識別幾乎所有編碼基因和大部分非編碼基因的啟動子區(qū)，響應各種轉(zhuǎn)錄調(diào)控信號，起始基因轉(zhuǎn)錄。

目前的分子生物學教科書中對轉(zhuǎn)錄起始模型是TBP特異性識別并彎曲含有TATA box的啟動子（TATA box promoter），招募聚合酶并組裝PIC啟動轉(zhuǎn)錄。然而，有超過85%的人類基因啟動子不含有TATA box，稱為TATA-less啟動子，并且?guī)缀跛械幕蜣D(zhuǎn)錄過程都需要完整TFIID復合物，其功能并不能夠被TBP所替代。因此，盡管已有大量基于TBP的PIC復合物結(jié)構(gòu)研究，包含TFIID的完整PIC是如何在不同類型啟動子上進行組裝的，一直沒有得到闡明。對于超過85%以上基因，轉(zhuǎn)錄起始是如何發(fā)生的，是轉(zhuǎn)錄領域長期未能解決的難題。

圖注：PIC動態(tài)組裝的模式圖

TFIID識別啟動子（內(nèi)圈）以及PIC對于不同啟動子類型的兩種組裝方式（外圈）。P、N、D分別代表Park、Neutral和Drive三種啟動子構(gòu)象。右圖：三種復合物狀態(tài)中啟動子構(gòu)象的比對（紅色：cPIC，黃色：mPIC, 綠色：hPIC）。下圖：cPIC組裝過程中在啟動子上PIC模塊進行匹配（matched modular separation）和重定位（repositioned modular separation）過程模式圖。模式圖中的結(jié)構(gòu)均來源于本研究工作。DBE：TFIID結(jié)合模塊（TFIID-binding element）

徐彥輝課題組經(jīng)過多年努力，利用冷凍電鏡方法，解析了PIC組裝過程中所有關鍵組裝步驟和狀態(tài)的復合物結(jié)構(gòu)。為研究PIC對各種不同類型啟動子的識別，研究人員在涵蓋所有啟動子類型（三種）的8個啟動子及5個突變啟動子上，組裝PIC復合物并進行了結(jié)構(gòu)分析。25個復合物結(jié)構(gòu)提供了PIC組裝的不同階段，不同功能狀態(tài)，不同啟動子類型的全覆蓋結(jié)構(gòu)信息。研究分析發(fā)現(xiàn)：TFIID含有多個DNA結(jié)合區(qū)，具有較高的序列包容度，可識別各種不同類型的基因啟動子；針對不同類型啟動子，PIC通過兩種方式將啟動子推動至聚合酶催化中心上方準備轉(zhuǎn)錄，提出“雙路徑啟動子推動”模型（two-track promoter deposition）；處于Drive構(gòu)象的完整PIC，為轉(zhuǎn)錄起始做好了兩方面準備。這一發(fā)現(xiàn)還從分子層面顛覆了對TBP只結(jié)合TATA box的傳統(tǒng)看法，很好解釋了PIC組裝和基因轉(zhuǎn)錄為何可發(fā)生在幾乎所有基因的啟動子上。

該項工作是近年來轉(zhuǎn)錄領域的重要突破，在分子水平上展示了高度動態(tài)的轉(zhuǎn)錄起始過程，為后續(xù)研究基因表達調(diào)控奠定了理論基礎。

據(jù)悉，復旦大學附屬腫瘤醫(yī)院助理研究員陳曦子（復旦大學生物醫(yī)學研究院2014級博士）、復旦大學生物醫(yī)學研究院2017級博士生戚軼倫、2016級博士生武子涵、2020級博士生王鑫鑫、2016級博士生李佳蓓、2017級博士生趙丹、復旦大學附屬腫瘤醫(yī)院副研究員侯海峰為本文共同第一作者，徐彥輝為通訊作者。

論文鏈接：https://science.sciencemag.org/content/early/2021/03/31/science.aba8490