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山大鄧偉僑團(tuán)隊(duì)在人工智能輔助逆向合成路線設(shè)計(jì)方面取得新進(jìn)展

來源:山東大學(xué)前沿交叉科學(xué)青島研究院      2023-08-04
導(dǎo)讀:復(fù)雜化合物的合成一直以來是有機(jī)化學(xué)、合成化學(xué)、藥物化學(xué)等領(lǐng)域中的重大挑戰(zhàn)和難題。近年來,人工智能的引入為逆向合成方法設(shè)計(jì)化合物的合成路線帶來了巨大進(jìn)步。目前逆向合成方法可分為基于規(guī)則的專家系統(tǒng)、基于模板的人工智能方法和無模板人工智能方法三大類。基于規(guī)則的專家系統(tǒng)需要大量的人力和經(jīng)驗(yàn)豐富的專家來總結(jié)編寫反應(yīng)規(guī)則?;谀0搴蜔o模板的人工智能方法均需要對(duì)大量反應(yīng)實(shí)例數(shù)據(jù)進(jìn)行訓(xùn)練來獲得人工智能預(yù)測(cè)模型,在訓(xùn)練模型時(shí)訓(xùn)練集中的稀有反應(yīng)(如成環(huán)反應(yīng))由于數(shù)據(jù)量極小而會(huì)被忽略,從而導(dǎo)致其難以預(yù)測(cè)包含稀有反應(yīng)合成步驟的化合物合成。這成為人工智能輔助逆向合成中的一個(gè)難題。近日,山東大學(xué)前沿交叉科學(xué)青島研究院-分子科學(xué)與工程研究院鄧偉僑教授團(tuán)隊(duì)為解決這一難題,在傳統(tǒng)人工智能輔助逆向合成方法中引入專家知識(shí)改善了稀有反應(yīng)的預(yù)測(cè)。通過加入吡嗪環(huán)的反應(yīng)模板,專家知識(shí)改善的人工智能逆向合成方法可以合理預(yù)測(cè)包含吡嗪環(huán)的化合物的合成路線。

研究團(tuán)隊(duì)使用專家知識(shí)改善的人工智能逆向合成方法針對(duì)6種潛在的抗新冠藥物(圖1)的合成路線進(jìn)行了設(shè)計(jì),以便找到低成本大規(guī)模生產(chǎn)的簡單路線。

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圖1潛在的抗新冠藥物

設(shè)計(jì)出的新合成路線中,法匹拉韋(Favipiravir)的步驟僅為3步,而它已有的合成路線為5步;Molnupiravir的新路線的步驟為2步,已有路線為2步;Sabizabulin的新路線的步驟為4步,已有路線為5步;Fluvoxamine的新路線的步驟為2步,已有路線為3步;Chlorpromazine的新路線的步驟為1步,已有路線為1步;Ritonavir的新路線的步驟為2,已有路線為3步。除了Molnupiravir和Chlorpromazine的已有路線已經(jīng)很少以外,其他復(fù)雜藥物分子的新合成路線的步驟均減少了1-2步。為驗(yàn)證新合成路線的合理性,以法匹拉韋為例進(jìn)行了實(shí)驗(yàn)合成驗(yàn)證,經(jīng)過實(shí)驗(yàn)證實(shí)了設(shè)計(jì)的新合成路線有效,且成本相比已有路線便宜了近44倍。

綜上,研究團(tuán)隊(duì)對(duì)人工智能輔助逆向合成方法引入專家知識(shí),改善了包含稀有反應(yīng)的合成路線的預(yù)測(cè)。并用專家知識(shí)改善的人工智能逆向合成方法設(shè)計(jì)了6種潛在抗新冠藥物的合成路線,通過實(shí)驗(yàn)證實(shí)了法匹拉韋的合成。相關(guān)成果以“Optimized synthesis of anti-COVID-19 drugs aided by retrosynthesis software”為題,發(fā)表在RSC Medicinal Chemistry期刊,并被選為封面文章(FrontCover)。山東大學(xué)前沿交叉科學(xué)青島研究院碩士研究生戚文濤和翟冬助理研究員為該論文的共同第一作者,鄧偉僑教授和蘇州大學(xué)李有勇教授為通訊作者,山東大學(xué)為第一完成單位。相關(guān)研究得到了國家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃,國家自然基金委,山東省自然基金等項(xiàng)目的支持。

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圖2相關(guān)發(fā)表論文的RSCMedicinalChemistry封面

原文鏈接:https://doi.org/10.1039/D2MD00444E

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