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JACS:定向進化的酶催化聯(lián)烯立體選擇性環(huán)丙烷化反應

來源:化學加原創(chuàng)      2024-03-22
導讀:近日,美國加州大學伯克利分校(University of California, Berkeley)John F. Hartwig課題組發(fā)展了由可以控制兩種立體化學元素的含銥細胞色素(Ir(Me)-CYP119)催化的聯(lián)烯與重氮乙酸乙酯(EDA)的酶促環(huán)丙烷化反應。通過使用6-codon (6c, VILAFG)飽和突變識別的2個Ir(Me)-CYP119突變體就催化形成了ee為-93% ~ > 99%、E/Z比值> 99:1的(E)-ACPs。此外,通過額外的4輪誘變,作者又確定了一種酶變體,其可以以高達94%的ee,28:72 E/Z 得到(Z)-ACPs。計算研究表明,由突變位置決定的卡賓定向轉(zhuǎn)化解釋了反應的立體選擇性。相關(guān)成果發(fā)表在J. Am. Chem. Soc.上,文章鏈接DOI:10.1021/jacs.3c13011。

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(圖片來源:J. Am. Chem. Soc.

正文

Alkylidene環(huán)丙烷是一類天然的和合成的張力環(huán)化合物(Figure 1a),其烯烴部分可以發(fā)生轉(zhuǎn)化,且取代基之間具有不尋常的立體化學和幾何關(guān)系。單取代的聯(lián)烯與非對稱卡賓的環(huán)丙烷化可以產(chǎn)生八種異構(gòu)體產(chǎn)物(Figure 1b),并且由于聯(lián)烯的特性使得它們的立體選擇性環(huán)丙烷化具有很大的挑戰(zhàn)。首先,由于中心缺電子的sp碳降低了聯(lián)烯的親核性,因此聯(lián)烯在環(huán)丙烷化反應中比烯烴的反應性差;其次,與末端聯(lián)烯中的端位烯烴反應在空間上是有利的,而與內(nèi)部烯烴反應在電性上有利;再次,1,1-二取代非對稱聯(lián)烯中的端位烯烴的兩個面是非對映異構(gòu)的,從而導致產(chǎn)物的不同(E)-和(Z)-構(gòu)型。因此,盡管ACPs的立體化學研究已有豐富的歷史,但目前僅報道了5例ee > 90%的非手性聯(lián)烯的對映選擇性環(huán)丙化反應,且這5例是通過使用空間位阻較大的卡賓或含有第二個結(jié)合位點的金屬和過量的聯(lián)烯來克服上述挑戰(zhàn)的(Figure 1c)。由于很少有聯(lián)烯是商業(yè)可得的,因此對有限的聯(lián)烯實現(xiàn)選擇性環(huán)丙烷化反應具有重要意義。然而,通過聯(lián)烯的分子間對映選擇性環(huán)丙化形成(Z)-異構(gòu)體主要產(chǎn)物到目前還是未知的。最近,美國加州大學伯克利分校John F. Hartwig課題組報道了一個通過定向進化的Ir(Me)-CYP119變體催化聯(lián)烯與EDA的區(qū)域選擇性環(huán)丙烷化,形成了具有優(yōu)異對映選擇性的(E)-或(Z)-異構(gòu)體(Figure 1d)。下載化學加APP到你手機,收獲更多商業(yè)合作機會。

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(圖片來源:J. Am. Chem. Soc.

首先,作者以苯基聯(lián)烯和EDA作為模板底物對反應進行探索(Figure 2)。通過對酶活性位點的8個位置(V151, A152, L205, I208, A209, G213, P253, L354)進行篩選(Figure 2a),得到的最佳反應條件為:EDA (50 mM),E . coli harboring, CYPvariant (4 uM [Ir]), M9-N緩沖液,室溫反應6小時。且當使用CYPE?plus可以以> 99%的ee得到E-(?)-ACP異構(gòu)體。此外,使用純化的CYPE?plus酶在1 mmol的規(guī)模上制備E-(?)-ACP時,產(chǎn)率為69% (909 TON),ee值為97%,且1a/1b/1c的比例為97:1:2。并且E-(?)-ACP異構(gòu)體通過X-射線晶體學測定得出其為(R)-對映體(Figure 2b)。

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(圖片來源:J. Am. Chem. Soc.

接下來,作者還通過靶向活性位點的四個額外位點來尋找能夠形成(Z)-異構(gòu)體的突變體(Figure 3)。當使用CYPZ?minus時,可以以高達94%的ee, 28:72 E/Z得到Z式異構(gòu)體產(chǎn)物。

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(圖片來源:J. Am. Chem. Soc.

在確定了突變體可以對(E)-(+)、(E)-(?)和(Z)-(?)立體異構(gòu)體進行選擇性識別后,作者研究了聯(lián)烯取代基對立體選擇性的影響(Figure 4)。CYPE?plus對芳基-ACPs中芳基上的小位阻取代基如氟、甲基、甲氧基和氯具有良好的耐受性(97% ~ 99% ee)。而芳基上位阻較大的取代基如正丙基、溴和叔丁基會使ee值有小幅度的降低(分別為96% ee、92% ee和87% ee)。此外,具有更柔性的正己基和苯乙基的脂肪族ACPs也可以以良好的對映選擇性形成環(huán)丙烷。

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(圖片來源:J. Am. Chem. Soc.

為了評估控制立體選擇性的因素,作者進行了DFT計算和MD(molecular dynamics)模擬(Figure 5)。首先,作者對游離的、非取代的Ir(Me)-卟啉絡合物催化聯(lián)烯1的反應進行了DFT計算,揭示了輔助因子對苯基聯(lián)烯環(huán)丙烷化的內(nèi)在選擇性。DFT計算表明端位雙鍵和內(nèi)部雙鍵通過環(huán)丙烷化形成的E-Z-異構(gòu)體的過渡態(tài)能量均在1 kcal·mol?1左右。最低能量過渡態(tài)(ΔG?為4.6 kcal·mol?1)導致(E)-ACP產(chǎn)物的生成,且其為主要的烯烴異構(gòu)體,但由于計算所得到的ΔG?差異很小,由此表明進化的酶的選擇性主要由與活性位點氨基酸側(cè)鏈的相互作用所控制。由于這些模型的ΔG?值較低(4.6-5.7 kcal·mol?1),因此反映了Ir-卡賓中間體對聯(lián)烯的高反應活性。接下來,作者通過MD模擬表明,在CYPE - plus變體中,由于Gly在213位被Leu取代,卡賓在Ir-C鍵周圍旋轉(zhuǎn)了大約100o。此外,結(jié)合聯(lián)烯的MD模擬表明,末端烯烴以一種類似于DFT優(yōu)化的(E)-(?)-ACP-TS構(gòu)象接近CYPZ?minus活性位點的卡賓。

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(圖片來源:J. Am. Chem. Soc.

總結(jié)

John F. Hartwig課題組使用在P450活性位點中含有銥的人工金屬酶來催化聯(lián)烯與重氮乙酸乙酯的環(huán)丙烷化反應,分別以良好的選擇性形成了(E)-(R)- ACP和(E)-(S)-ACP。其中形成的(Z)異構(gòu)體是以前用小分子催化方法所無法合成的。DFT計算和MD模擬闡明了活性位點的突變?nèi)绾萎a(chǎn)生控制銥-卡賓中間體取向的空間相互作用,并產(chǎn)生具有不同能量的過渡態(tài)以形成兩種不同幾何構(gòu)型的烯烴,盡管在沒有蛋白質(zhì)存在的情況下形成這兩種異構(gòu)體的能量相似。


文獻詳情:

Brandon J. Bloomer,Isaac A. Joyner, Marc Garcia-Borràs, Derek B. Hu, Martí Gar?on, Andrew Quest, Consuelo Ugarte Montero, Isaac F. Yu, Douglas S. Clark,  John F. Hartwig*. Enantio- and Diastereodivergent Cyclopropanation of Allenes by Directed Evolution of an Iridium-Containing Cytochrome. J. Am. Chem. Soc., 2024, https://doi.org/10.1021/jacs.3c13011.

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